Natur- og Miljøklagenævnet har etableret differentierede sagsgange, der er afstemt med sagen karakter og sværhedgrad. Visse sagsbehandlingskridt er imidlertid de samme. Disse er nærmere beskrevet her.
Når en klage modtages i Natur- og Miljøklagenævnet bliver der oprettet en sag i nævnets journalsystem. Klageren orienteres umiddelbart herefter om gebyropkrævning og betalingsfrister. Der bliver inden 14 dage fremsendt en faktura på gebyropkrævningen.
Der er en frist på 14 dage for betaling af gebyret. Den præcise frist fremgår af opkrævningsbrevet. Først når gebyret er betalt, bliver sagen givet videre til en sagsbehandler.
Samtlige af sagens parter orienteres om Natur- og Miljøklagenævnets sagsbehandlingstid og persondataloven.
Når der er betalt gebyr, bliver sagen gennemgået af en sagsbehandler, som først undersøger om klagefristen er overholdt, om klager er klageberettiget og om klagen vedrører spørgsmål, som er omfattet af Natur- og Miljøklagenævnets kompetence.
En klage bliver afvist, hvis klagefristen ikke er overholdt, hvis klageren ikke er klageberettiget eller hvis klagen vedrører spørgsmål, som ikke kan påklages til Natur- og Miljøklagenævnet.
Hvis klagefristen er overholdt, klager er klageberettiget og klagen vedrører forhold, som kan påklages til nævnet, placeres sagen i en nærmere bestemt kategori, afhængig af sagens karakter.
I mange tilfælde er det nødvendigt at høre den myndighed, der har truffet afgørelsen. Ved en høring vil Natur- og Miljøklagenævnet typisk bede myndigheden om at fremsende relevant sagsmateriale og myndighedens bemærkninger til klagen.
Når Natur- og Miljøklagenævnet sender en sag i høring, orienteres klager og eventuelle andre parter, som nævnet er bekendt med, om høringen. Myndigheden vil samtidig blive bedt om at sende kopi af høringssvaret til de involverede parter. Der vil typisk blive fastsat en frist på 4 uger for at fremsende bemærkninger til myndighedens høringssvar.
I andre tilfælde modtager Natur- og Miljøklagenævnet klagen og sagens akter direkte fra den myndighed, der har truffet afgørelsen. Som oftest har myndigheden allerede ved fremsendelse af sagen til Natur- og Miljøklagenævnet skrevet sine bemærkninger til klagen. I så fald vil det i de fleste tilfælde ikke være nødvendigt at høre myndigheden yderligere.
Natur- og Miljøklagenævnets afgørelser træffes enten af det sagkyndige nævn, det læge nævn eller af formanden på nævnets vegne.
Det sagkyndige nævn træffer afgørelse i sager efter bl.a. miljøbeskyttelsesloven, husdyrbrugloven og vandløbsloven.
Det læge nævn træffer afgørelse i sager efter bl.a. naturbeskyttelsesloven, planloven, skovloven og museumsloven.
Natur- og Miljøklagenævnets formand kan træffe afgørelse på nævnets vegne i sager, der ikke indeholder spørgsmål af større eller principiel betydning, og i sager, hvor afgørelsen alene beror på en juridisk vurdering.
Afgørelsen sendes til de parter, som har været involveret i sagens behandling ved Natur- og Miljøklagenævnet.