I medfør af havmiljøloven kan Miljøministeren til opfyldelse af internationale aftaler fastsætte nærmere regler for det ydre og indre territorialt farvand, jf. lov om afgrænsning af søterritoriet.
Havmiljølovens formål er at forebygge og begrænse forurening og anden påvirkning af havmiljøet fra danske og udenlandske skibe, luftfartøjer, platforme og rørledninger samt at sikre opretholdelse af et beredskab til indsats mod forurening på havet, på kyster og i havne.
Der må således ikke uden forudgående tilladelse ske udledning, udflydning, bortskaffelse, afbrænding eller dumpning i havet af olie, flydende og faste stoffer, som transporteres i bulk, stoffer og materialer i emballeret form, container, m.v., ballastvand og -sedimenter, kloakspildevand, affald eller optaget havbundsmateriale.
Her ud over kan miljøministeren fastsætte regler om hurtigfærgeruter og kræve en miljøkonsekvensvurdering, hvor der er formodning om væsentlig indvirkning på miljø, natur, friluftsinteresser eller kulturminder.
Miljøministeren henholdsvis forsvarsministeren fører tilsyn med overholdelsen af bestemmelserne i havmiljøloven og miljøministeren kan bemyndige en under ministeriet oprettet statslig myndighed eller anden statslig myndighed til at udøve havmiljølovens beføjelser.
Afgørelser om dumpning af optaget havbundsmateriale og hurtigfærgeruter kan påklages til Natur- og Miljøklagenævnet. Klager over dumpning har opsættende virkning, imodsætning til klager over hurtigfærgeruter.